Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του ΜΔΕ ανέρχονται σε ενενήντα (90) ECTS. Στο Α΄ και στο Β΄ εξάμηνο απαιτείται η επιτυχής παρακολούθηση τεσσάρων (4) Υποχρεωτικών και ενός (1) Κατ” Επιλογήν μαθημάτων, σε σύνολο δύο (2) προσφερόμενων ανά εξάμηνο, καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε έξι (6) πιστωτικές μονάδες (ECTS) με συντελεστή βαρύτητας πέντε (5) το καθένα. To τρίτο εξάμηνο αφιερώνεται στη συγγραφή Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS) με συντελεστή βαρύτητας 15. Υποχρεωτική είναι για τους φοιτητές η συμμετοχή σε πρακτική άσκηση διάρκειας 15−30 ημερών, στις τρέχουσες από την Κατεύθυνση έρευνες, κατά τη διάρκεια των τριών εξαμήνων. Το είδος των προσφερόμενων πρακτικών (π.χ. ανασκαφή, επιφανειακή έρευνα, εργαστηριακές ασκήσεις, μουσειακή πρακτική, ερευνητικός σχεδιασμός στην αρχαιολογία της ανατολικής Μεσογείου, κλπ) θα προσδιορίζεται στην αρχή του κάθε ακαδημαϊκού έτους. Γλώσσες διδασκαλίας είναι η ελληνική και η αγγλική (διδασκαλία επιμέρους ενοτήτων από προσκεκλημένους καθηγητές). Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ως εξής:
Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ
Υ-1 Τέταρτη και τρίτη χιλιετία Π.Χ. στο Αιγαίο: Πολιτισμική Πολυμορφία & Μταβατικές Κοινωνίες (ECTS 6).
Υ-3 Αιγυπτιακά Ιερογλυφικά: επιγραφική και γραμματειακές πηγές του Μέσου Βασιλείου I (ECTS 6).
Υ-2 Γραμματειακές πηγές των πολιτικών και οικονομικών σχέσεων στη Μεσόγειο: Αρχαϊκή και Κλασική περίοδος (ECTS 6).
Y-4 Το ψηφιδωτό δάπεδο στην ανατολική Μεσόγειο κατά την ύστερη αρχαιότητα (ECTS 6).
B’ ΕΞΑΜΗΝΟ
Υ-5 Προϊστορική αρχαιολογία του φύλου (ECTS 6).
Υ-6 8ος – 6ος αι. π.Χ.: Η εξάπλψση των Ελλήνων στην Μεσογείου μέσα από την αρχαιολογική μαρτυρία (ECTS 6).
Υ-7 Αιγυπτιακά ιερογλυφικά ΙΙ: επιγραφική και γραμματειακές πηγές του Νέου Βασιλείου (ECTS 6).
Υ-8 Νέες τεχνολογίες στην αρχαιολογία της ανατολικής Μεσογείου: ερευνητικά ζητήματα (ECTS 6).
ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΕΠΙΛΟΓΗΣ (1 από τα 2)
ΚΥΕ-3 Μνημειακή τοπογραφία της αρχαίας Ελλάδας: Γραμματειακές πηγές (ECTS 6).
ΚΥΕ-4 Επιγραφές σε μνημεία και έργα τέχνης στην ύστερη αρχαιότητα και την πρωτοβυζαντινή περίοδο (ECTS 6).
Σύνολο ECTS: 30
Γ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ
ΠΑ – Πρακτική άσκηση (ECTS 6).
ΜΕΕ – Μεταπτυχιακή Εργασία Ειδίκευσης (ECTS: 24)