Σκοπός του Π.Μ.Σ. είναι η παροχή εξειδικευμένης και διεπιστημονικής εκπαίδευσης στην αρχαιολογία και τον υλικό πολιτισμό της Ανατολικής Μεσογείου, με ιδιαίτερη έμφαση στην Αίγυπτο, την Ελλάδα, της Εγγύς Ανατολή και τις μεταξύ τους πολιτισμικές διασυνδέσεις, από την Προϊστορία έως την Ύστερη Αρχαιότητα. Το Πρόγραμμα επιδιώκει οι μεταπτυχιακοί/ές φοιτητές/τριες να αποκτήσουν μια ολιστική και συγκριτική κατανόηση των κοινωνιών και των πολιτισμών της περιοχής, των ιστορικών και πολιτισμικών τους μετασχηματισμών, καθώς και των δικτύων επαφών, ανταλλαγών και αλληλεπιδράσεων που αναπτύχθηκαν στον χώρο της Ανατολικής Μεσογείου κατά την αρχαιότητα. Παράλληλα, το Π.Μ.Σ. εισάγει συστηματικά τους/τις φοιτητές/τριες στη σύγχρονη αρχαιολογική θεωρία, στις ερευνητικές μεθόδους και στις διεπιστημονικές προσεγγίσεις των αρχαιογνωστικών επιστημών. Μέσα από την κριτική μελέτη αρχαιολογικών δεδομένων, κειμενικών και εικονογραφικών πηγών και της σχετικής βιβλιογραφίας, καθώς και μέσα από τη συμμετοχή σε εμπειρικές και ερευνητικές διαδικασίες, καλλιεργούνται η κριτική και αναλυτική σκέψη, η διατύπωση πρωτότυπων ερευνητικών ερωτημάτων και η ικανότητα διεξαγωγής αυτοδύναμης και επιστημονικά τεκμηριωμένης έρευνας. Με την ολοκλήρωση του Προγράμματος, οι απόφοιτοι/ες αναμένεται να έχουν διαμορφώσει το προφίλ ενός σύγχρονου ερευνητή της αρχαιότητας, με στέρεη θεωρητική και μεθοδολογική κατάρτιση και την ικανότητα να προσεγγίζουν κριτικά και συγκριτικά τον ευρύτερο χώρο της Ανατολικής Μεσογείου.