Σκοπός του Π.Μ.Σ. είναι οι μ.φ. του προγράμματος να αποκτήσουν ολιστικά γνώσεις για την Ανατολική Μεσόγειο κατά την αρχαιότητα, μέσα από όλες τις διαστάσεις της, ταυτόχρονα μυούνται στην ερευνητική διαδικασία, αλλά και στις διαδικασίες της συμμετοχικής έρευνας στο πλαίσιο της αρχαιολογικής θεωρίας και στη βάση των ερευνητικών μεθόδων, οι οποίες προτείνονται στο χώρο των αρχαιογνωστικών επιστημών και δη της αρχαιολογίας. Στο πλαίσιο αυτό, οι μ.φ. εμπλέκονται σε εμπειρικές έρευνες ενεργοποιώντας θεωρίες, τεχνικές, στρατηγικές και μεθοδολογικές προσεγγίσεις που άπτονται κατεξοχήν των ερευνητικών αντικειμένων και ενδιαφερόντων του Π.Μ.Σ. Το Π.Μ.Σ. στοχεύει να παρέχει εξειδικευμένες ερευνητικές γνώσεις, να καλλιεργήσει την κριτική και αναλυτική σκέψη, να αναπτύξει την επιστημονική προσέγγιση θεμάτων της αρχαιότητας της ανατολικής Μεσογείου, να καταρτίσει τους/τις φοιτητές/τριες ώστε να επεξεργάζονται κριτικά τις πρωτογενείς και δευτερογενείς πηγές καθώς και να αναπτύσσουν την επιστημονική μεθοδολογία για την διεξαγωγή έρευνας. Με την ολοκλήρωση του προγράμματος, οι μ.φ. θα πρέπει να έχουν διαμορφώσει το προφίλ ενός σύγχρονου ερευνητή.