Σκοπός του Π.Μ.Σ. είναι οι μ.φ. του προγράμματος να αποκτήσουν ολιστικά γνώσεις για την Ανατολική Μεσόγειο κατά την αρχαιότητα, μέσα από όλες τις διαστάσεις της, ταυτόχρονα μυούνται στην ερευνητική διαδικασία, αλλά και στις διαδικασίες της συμμετοχικής έρευνας στο πλαίσιο της αρχαιολογικής θεωρίας και στη βάση των ερευνητικών μεθόδων, οι οποίες προτείνονται στο χώρο των αρχαιογνωστικών επιστημών και δη της αρχαιολογίας. Στο πλαίσιο αυτό, οι μ.φ. εμπλέκονται σε εμπειρικές έρευνες ενεργοποιώντας θεωρίες, τεχνικές, στρατηγικές και μεθοδολογικές προσεγγίσεις που άπτονται κατεξοχήν των ερευνητικών αντικειμένων και ενδιαφερόντων του Π.Μ.Σ. Το Π.Μ.Σ. στοχεύει να παρέχει εξειδικευμένες ερευνητικές γνώσεις, να καλλιεργήσει την κριτική και αναλυτική σκέψη, να αναπτύξει την επιστημονική προσέγγιση θεμάτων της αρχαιότητας της ανατολικής Μεσογείου, να καταρτίσει τους/τις φοιτητές/τριες ώστε να επεξεργάζονται κριτικά τις πρωτογενείς και δευτερογενείς πηγές καθώς και να αναπτύσσουν την επιστημονική μεθοδολογία για την διεξαγωγή έρευνας. Με την ολοκλήρωση του προγράμματος, οι μ.φ. θα πρέπει να έχουν διαμορφώσει το προφίλ ενός σύγχρονου ερευνητή.
Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί κάτοχοι τίτλου του πρώτου κύκλου σπουδών των Τμημάτων που είναι συναφή με το ευρύτερο γνωστικό αντικείμενο της Αρχαιολογίας και της Αρχαιογνωσίας, καθώς και πτυχιούχοι γενικότερα Σχολών Ανθρωπιστικών, Παιδαγωγικών και Κοινωνικών Επιστημών των Α.Ε.Ι (Πανεπιστημίων και Τ.Ε.Ι.) της ημεδαπής ή αναγνωρισμένων Ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Σύμφωνα με το άρθρο 304 του ν. 4957/2022, τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (Α.Ε.Ι.), προκειμένου να διαπιστώσουν αν ένα ίδρυμα της αλλοδαπής ή ένας τύπος τίτλου ιδρύματος της αλλοδαπής είναι αναγνωρισμένα για την αποδοχή αίτησης και εγγραφής για εισαγωγή σε μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών ή εκπόνησης διδακτορικής διατριβής, δεσμεύονται από το Εθνικό Μητρώο Αναγνωρισμένων Ιδρυμάτων Ανώτατης Εκπαίδευσης της αλλοδαπής και το Εθνικό Μητρώο Τύπων Τίτλων Σπουδών Αναγνωρισμένων Ιδρυμάτων της Αλλοδαπής του Δ.Ο.Α.Τ.Α.Π. Ο αριθμός εισακτέων ορίζεται κατά ανώτατο όριο σε σαράντα πέντε (45) μεταπτυχιακούς/ες φοιτητές/τριες ανά έτος.
Η χρονική διάρκεια του Προγράμματος είναι τρία εξάμηνα (18 μήνες/90 ECTS). Τα δύο πρώτα εξάμηνα είναι διδακτικά και το τρίτο αφιερώνεται στη συγγραφή της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας. Η μεθοδολογία εκπαίδευσης είναι σύγχρονη 100% εξ αποστάσεως μέσω του ειδικού συστήματος τηλεκπαίδευσης/εικονικής τάξης Big Blue Button και της πλατφόρμας εκπαίδευσης Moodle.