Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του ΜΔΕ ανέρχονται σε ενενήντα (90) ECTS. Στο Α΄ και στο Β΄ εξάμηνο απαιτείται η επιτυχής παρακολούθηση τεσσάρων (4) Υποχρεωτικών και ενός (1) Κατ” Επιλογήν μαθημάτων, σε σύνολο δύο (2) προσφερόμενων ανά εξάμηνο, καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε έξι (6) πιστωτικές μονάδες (ECTS) με συντελεστή βαρύτητας πέντε (5) το καθένα. To τρίτο εξάμηνο αφιερώνεται στη συγγραφή Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS) με συντελεστή βαρύτητας 15. Υποχρεωτική είναι για τους φοιτητές η συμμετοχή σε πρακτική άσκηση διάρκειας 15−30 ημερών, στις τρέχουσες από την Κατεύθυνση έρευνες, κατά τη διάρκεια των τριών εξαμήνων. Το είδος των προσφερόμενων πρακτικών (π.χ. ανασκαφή, επιφανειακή έρευνα, εργαστηριακές ασκήσεις, μουσειακή πρακτική, ερευνητικός σχεδιασμός στην αρχαιολογία της ανατολικής Μεσογείου, κλπ) θα προσδιορίζεται στην αρχή του κάθε ακαδημαϊκού έτους. Γλώσσες διδασκαλίας είναι η ελληνική και η αγγλική (διδασκαλία επιμέρους ενοτήτων από προσκεκλημένους καθηγητές). Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ως εξής:
Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ
Υ-1 Πολιτισμικές σχέσεις των λαών της ανατολικής Μεσογείου στην Εποχή του Χαλκού (ECTS 6).
Υ-2 Κύπρος και Εγγύς Ανατολή: ειδικά θέματα διαπολιτισμικών σχέσεων από τους προϊστορικούς έως και τους ελληνιστικούς χρόνους (ECTS 6).
Υ-3 Αιγυπτιακά Ιερογλυφικά Ι: επιγραφική και γραμματειακές πηγές του Μέσου Βασιλείου (ECTS 6).
Υ-4 Γραμματειακές πηγές των πολιτικών και οικονομικών σχέσεων στη Μεσόγειο: Αρχαϊκή και Κλασική περίοδος (ECTS 6).
B’ ΕΞΑΜΗΝΟ
Υ-5 Τέχνη και τεχνολογία στις ανακτορικές κοινωνίες της ανατολικής Μεσογείου (ECTS 6).
Υ-6 8ος – 6ος αι. π.Χ.: η ελληνοποίηση της Μεσογείου μέσα από την αρχαιολογική μαρτυρία (ECTS 6).
Υ-7 Αιγυπτιακά ιερογλυφικά ΙΙ: επιγραφική και γραμματειακές πηγές του Νέου Βασιλείου (ECTS 6).
Υ-8 Γραμματειακές πηγές των πολιτικών και οικονομικών σχέσεων στη Μεσόγειο: Ελληνιστική περίοδος – Ύστερη αρχαιότητα (ECTS 6).
ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΕΠΙΛΟΓΗΣ (1 από τα 2)
Ε-3 Πρωτογενείς πηγές (Αρχαιολογία, επιγραφική, Νομισματική, Παπυρολογία) για την αρχαία ιστορία της Κύπρου, της Αιγύπτου και της Εγγύς Ανατολής (ECTS 6).
Ε-4 Νέες τεχνολογίες στην αρχαιολογία της ανατολικής Μεσογείου: ερευνητικά ζητήματα (ECTS 6).
Σύνολο ECTS: 30
Γ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ
ΠΑ – Πρακτική άσκηση (ECTS 6).
ΜΕΕ – Μεταπτυχιακή Εργασία Ειδίκευσης (ECTS: 24)