Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του ΜΔΕ ανέρχονται σε ενενήντα (90) ECTS. Στο Α΄ και στο Β΄ εξάμηνο απαιτείται η επιτυχής παρακολούθηση τεσσάρων (4) Υποχρεωτικών και ενός (1) Κατ” Επιλογήν μαθημάτων, σε σύνολο δύο (2) προσφερόμενων ανά εξάμηνο, καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε έξι (6) πιστωτικές μονάδες (ECTS) με συντελεστή βαρύτητας πέντε (5) το καθένα. To τρίτο εξάμηνο αφιερώνεται στη συγγραφή Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS) με συντελεστή βαρύτητας 15. Υποχρεωτική είναι για τους φοιτητές η συμμετοχή σε πρακτική άσκηση διάρκειας 15−30 ημερών, στις τρέχουσες από την Κατεύθυνση έρευνες, κατά τη διάρκεια των τριών εξαμήνων. Το είδος των προσφερόμενων πρακτικών (π.χ. ανασκαφή, επιφανειακή έρευνα, εργαστηριακές ασκήσεις, μουσειακή πρακτική, ερευνητικός σχεδιασμός στην αρχαιολογία της ανατολικής Μεσογείου, κλπ) θα προσδιορίζεται στην αρχή του κάθε ακαδημαϊκού έτους. Γλώσσες διδασκαλίας είναι η ελληνική και η αγγλική (διδασκαλία επιμέρους ενοτήτων από προσκεκλημένους καθηγητές). Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ως εξής:

Γ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

ΠΑ – Πρακτική άσκηση (ECTS 6).
ΜΕΕ – Μεταπτυχιακή Εργασία Ειδίκευσης (ECTS: 24)